Năm 1996, Konrad được trao tặng Huân chương Dent.[5] Vào tháng 1 năm 1999, ông nhận được Huy chương Bạc Mozart từ Quỹ Mozarteum Quốc tế Salzburg[4] cho công trình tiêu chuẩn của ông về phong cách sáng tác của Mozart và ấn bản hoàn chỉnh các bản phác thảo của Mozart. Năm 2001, Konrad là nhà âm nhạc học đầu tiên và duy nhất cho đến nay nhận được Giải thưởng Gottfried Wilhelm Leibniz.[6]

Konrad là thành viên của Học viện Khoa học và Nhân văn Bavaria,[1] Học viện Khoa học Leopoldina[7] và Viện hàn lâm Europaea cũng như thông tín viên của Học viện Wissenschaosystem zu Göttingen và Học viện Wissenschaosystem und der Literatur.[8] Năm 2017, ông nhận được Huân chương Công đức Thánh giá Sĩ quan của Cộng hòa Liên bang Đức.[2][9]